Zwischen 1212 und 1222 wurde die ältere Marktkirche zur Stiftskirche des neuen Thomasklosters der Augustiner-Chorherren umgebaut. Der Minnesänger Heinrich von Morungen soll dem Thomaskloster anlässlich seines Eintritts eine Reliquie des Hl. Thomas geschenkt haben, die er aus Indien mitbrachte. Reste des romanischen Baus kamen bei archäologischen Grabungen zu Tage. Nach dem fast vollständigen Neubau am 10. April 1496 durch den Merseburger Bischof Thilo von Trotha erneut geweiht ist die Thomaskirche im Wesentlichen ein Werk im spätgotischen Stil. Im Laufe der Jahrhunderte erfuhr die Kirche einige Zusätze und Umbauten; am bedeutendsten ist dabei der achteckige Turm im Stil der Renaissance. Vor allem zwei große Namen verbinden sich mit der Leipziger Thomaskirche. Johann Sebastian Bach wirkte 27 Jahre als Thomaskantor und Martin Luther hielt hier anläßlich der Einführung der Reformation im Jahre 1539 eine Pfingstpredigt. Das im Jahre 1212 von Dietrich von Meißen gegründete Gotteshaus vereinigt die Baustile verschiedener Epochen. Es entstand im 13. Jahrhundert zunächst im romanischen Stil und wurde später im gotischen ausgebaut. Auch Elemente der Renaissance und des Barock finden sich. Die Kirche ist auch die Hauptwirkungsstätte des Thomanerchors, einem der bekanntesten Kirchenchöre Deutschlands, der ebenfalls im Jahre 1212 gegründet wurde. Heute ist vor allem das 1908 von Carl Seffner geschaffene Bach-Denkmal, das sich im Hof der Thomaskirche befindet, ein Anziehungspunkt für viele Besucher der Stadt. In ihrer Rechten hält die Figur eine Notenrolle, mit der anderen Hand berührt sie die Tasten einer dahinter befindlichen Orgel. Der Komponist selbst ist in einem Grab im Altarraum der Kirche beigesetzt: Authentisches aus seinem Leben ist im Bach-Archiv zu sehen, das sich gegenüber der Kirche befindet und in dem zu zahlreichen Anlässen Bachs Musik erklingt.